La sub-dirección del Litoral del INPC cubre las provincias de Esmeraldas, Manabí, Los Ríos, El Oro, Santa Elena, Guayas y Galápagos. Su plan para el 2009 se concentrará principalmente en el inventario de sitios de la región Costa, tarea que será llevada a cabo junto al Conah.

Por otra parte, los objetos hallados y/o inventariados serán restaurados y estudiados. El Director del INPC del Litoral, Alfredo Moreira, señaló además que tomará medidas de prevención para proteger a los sitios arqueológicos de su jurisdicción de los riesgos ligados al invierno. Se otorgará una atención especial a los sitios de la Hacienda María (norte de Guayaquil), y a los sitios de la comunidad Valdivia.